革命的路總是艱難而又曲折的，蔡元培雖然早已不是熱血青年了，但是，一次次的挫折也使得他不免陷入彷徨之中。如同他在“自述”中所說(shuō)：“在上海所圖皆不成，意頗倦。”
19世紀(jì)末20世紀(jì)初，中國(guó)社會(huì)經(jīng)歷著“數(shù)千年未有之變局”。在此新舊交替的過(guò)渡期，一些有識(shí)之士開(kāi)始走出國(guó)門、開(kāi)眼看世界，希冀從西方強(qiáng)國(guó)尋求救亡興國(guó)之道。
對(duì)蔡元培而言，此前的十?dāng)?shù)年里，主要是通過(guò)中國(guó)先覺(jué)的知識(shí)分子及日本學(xué)者翻譯的西方思想學(xué)說(shuō)，來(lái)了解和認(rèn)識(shí)世界的形勢(shì)和最新思潮，這些書籍也確實(shí)啟蒙了他的諸多新思維。
但是百聞不如一見(jiàn)，從書上讀到的畢竟是第二手的資料，況且，還夾雜著譯著者自己的主觀認(rèn)識(shí)甚至于偏見(jiàn)。親身到西方文化的發(fā)源地去看一看，挖掘更多的思想源泉、磨礪改造中國(guó)的思想利器，成了蔡元培夢(mèng)寐以求的事。
20世紀(jì)初，中華大地上出國(guó)留學(xué)或考察蔚然成風(fēng)，但大多是晚清政府公費(fèi)官派的留學(xué)生，所去國(guó)又以日本為主，去歐洲的很少。
蔡元培曾于1902年夏到日本游歷，但是他于留日并無(wú)興趣。原因在于，日本雖然是一個(gè)善于學(xué)習(xí)的國(guó)家，通過(guò)學(xué)西方進(jìn)行了明治維新，使得國(guó)力陡然走向強(qiáng)盛，但是日本并不是近代工業(yè)、近代思想和社會(huì)經(jīng)濟(jì)制度的發(fā)源地。
蔡元培一心想去追尋歐洲文明的源頭，他夢(mèng)想中的游學(xué)目的地是德國(guó)。
1903年6月中旬，因愛(ài)國(guó)學(xué)社與中國(guó)教育會(huì)的同志意見(jiàn)不合，發(fā)生了分裂，蔡元培便離開(kāi)了愛(ài)國(guó)學(xué)社。在一段時(shí)間里他曾去青島學(xué)德語(yǔ)，為赴德留學(xué)做準(zhǔn)備。
次年，蔡元培的女兒出生，蔡元培取名“威廉”，爾后，他又為1906年出生的兒子取名“柏齡”(柏林)。為子女所取的這兩個(gè)德國(guó)式的名字，可見(jiàn)蔡元培對(duì)赴德求學(xué)的向往和決心。
出國(guó)是為救國(guó)謀。蔡元培堅(jiān)定地把留學(xué)目標(biāo)定為德國(guó)，是因?yàn)樵谒磥?lái)德國(guó)是當(dāng)時(shí)歐洲以至世界上哲學(xué)、教育學(xué)最發(fā)達(dá)的國(guó)家，在那里最能學(xué)到對(duì)中國(guó)有益的新知。
在西方近代教育的發(fā)展進(jìn)程中，德國(guó)曾做出過(guò)重要貢獻(xiàn)。赫爾巴特的《普通教育學(xué)》被認(rèn)為是第一部具有科學(xué)體系的教育學(xué)著作。福祿貝爾創(chuàng)辦的幼兒園影響了世界學(xué)前教育的發(fā)展。近代西方的教育視導(dǎo)、公立教育、義務(wù)教育制度、實(shí)科教育、師范教育、雙規(guī)學(xué)制和雙元制職業(yè)教育等，也大多起源于德國(guó)，并對(duì)其他國(guó)家產(chǎn)生了重要影響。
拿破侖戰(zhàn)爭(zhēng)后，普魯士引進(jìn)了教師需要國(guó)家認(rèn)證的制度(1810年)，這提升了教師的教學(xué)水平。1812年，普魯士開(kāi)始設(shè)置中等學(xué)校的升學(xué)考試(這在1788年已被發(fā)明)；到了1871年，整個(gè)德意志帝國(guó)都接受了這種制度。此后，德國(guó)的學(xué)校教育開(kāi)始變得較系統(tǒng)化和國(guó)家化，更多的學(xué)校被建立起來(lái)。
“救國(guó)必以學(xué)，世界學(xué)術(shù)德為尊，吾將求學(xué)于德”。在給清廷學(xué)部的留德申請(qǐng)呈文中，蔡元培這樣寫道：“竊職素有志教育之學(xué)，以我國(guó)現(xiàn)行教育之制，多仿日本。而日本教育界盛行者，為德國(guó)海爾伯脫派。且幼稚園創(chuàng)于德人佛羅比爾。而強(qiáng)迫教育(即義務(wù)教育)之制，亦以德國(guó)行之最先……歐美各國(guó)，無(wú)能媲者。爰有游學(xué)德國(guó)之志……至少以五年為期。冀歸國(guó)以后，或能效壤流之助于教育界?！?br/>
蔡元培在給清政府呈文里的這一番話，是他的肺腑之言。
怎么才能去德國(guó)留學(xué)呢？蔡元培在尋找機(jī)會(huì)。
朋友們知道蔡元培的想法，1906年的5月間，有北京的朋友來(lái)信告訴蔡元培，清政.府?dāng)M公派幾名翰林院編檢出國(guó)留學(xué)，勸其盡快去京登記。不久，他從報(bào)紙上也看到了同樣的消息，自然是機(jī)不可失。
他于6月下旬先抵上海，去迎接章太炎出獄，并送其去日本。隨后參加鄒容死難周年紀(jì)念日，并了卻了為這位先逝的青年志士在墓前修紀(jì)念塔的心愿。
這些舉動(dòng)，很像是為他自己在滬上的革命活動(dòng)，畫上一個(gè)句號(hào)。
1906年7月，蔡元培從故鄉(xiāng)紹興回到闊別多年的京城，第一件事是按例到翰林院銷假。此時(shí)，他的心情是很復(fù)雜的，他在給友人汪康年的信中，表明了自己的心境。
“弟此次進(jìn)京銷假，本為最不安之事。徒以游學(xué)德意志之志，抱之?dāng)?shù)年，竟不得一機(jī)會(huì)。忽見(jiàn)報(bào)載學(xué)部有咨送翰林游學(xué)東西洋之舉，不能不為之心動(dòng)。初亦恐進(jìn)京事不成，徒折吾節(jié)。故初則電詢陳介公，后又電詢王書公，其回函均稱非進(jìn)京不得圖。王書翁到滬面談并催弟速行。因此七月進(jìn)京，此亦日暮途遠(yuǎn)之為，不意竟成夸父逐日之失……蓋弟數(shù)年來(lái)，視百事皆無(wú)當(dāng)意。所耿耿者，惟此游學(xué)一事耳?！?br/>
汪康年（1860.1.25-1911.11.4），浙江錢塘（今杭州市）人。字穰卿，晚號(hào)恢伯，光緒年間的進(jìn)士。是清末維新派人士，當(dāng)過(guò)張之洞的幕僚。中國(guó)近代的出版家、政論家。中日甲午戰(zhàn)爭(zhēng)后，更是積極主張變法圖強(qiáng)。
1895年（光緒二十一年），參加上?！皬?qiáng)學(xué)會(huì)”。次年，與黃遵憲辦《時(shí)務(wù)報(bào)》，自任經(jīng)理，延梁?jiǎn)⒊骶帯Ｔ男麄髻Y產(chǎn)階級(jí)民權(quán)思想。后改為《昌言報(bào)》，不久停刊。
1898年創(chuàng)《時(shí)務(wù)日?qǐng)?bào)》于上海，旋易名《中外日?qǐng)?bào)》，擁護(hù)清政府實(shí)行“新政”。曾支持上海人民反對(duì)法人侵占“四明公所公墓”。
1901年《辛丑條約》簽訂后，俄軍久駐奉天（今沈陽(yáng)市）不撤，他憤然致電中外，慷慨力爭(zhēng)。
1904年任內(nèi)閣中書。1907年在北京辦《京報(bào)》。1910年（宣統(tǒng)二年）辦《芻言報(bào)》。著有《汪穰卿遺著》《汪穰卿筆記》等。
蔡元培到京后，開(kāi)始聽(tīng)到的消息是因?yàn)榻?jīng)費(fèi)困難，緩派赴歐留學(xué)人員。他將給清廷學(xué)部的留德申請(qǐng)呈上后，便耐心等待。經(jīng)多方打聽(tīng)，不久便搞清楚了，原來(lái)“愿赴歐美者人數(shù)太少，派送之事竟擱置不辦”，蔡元培的同鄉(xiāng)肖伯棠，繆獻(xiàn)甫極力勸說(shuō)他自費(fèi)留學(xué)，并慨然代為籌資。
蔡元培于是一方面應(yīng)譯學(xué)館館長(zhǎng)章一山之聘，出任該館國(guó)文教員。一方面向?qū)W部申請(qǐng)自費(fèi)留學(xué)，等待批準(zhǔn)。
1907年4月，清政府任命孫寶琦為駐德公使，這為蔡元培赴德提供了機(jī)會(huì)。孫寶琦的弟弟孫寶暄與蔡元培是故交，由孫寶暄從中介紹，蔡元培到孫寶琦家登門拜訪，求孫寶琦幫忙，在駐德使館安排一任職，幫助他實(shí)現(xiàn)留德的心愿。
孫寶琦早就認(rèn)識(shí)蔡元培，并且印象極佳。不但一口答應(yīng)幫忙，為免于影響他的學(xué)習(xí)，給他安排了個(gè)虛職。除了為蔡元培去德國(guó)提供方便外，實(shí)際是每月資助學(xué)費(fèi)30兩(合42銀圓)。
與此同時(shí)，蔡元培還通過(guò)摯友張?jiān)獫?jì)與上海商務(wù)印書館商洽，特約他在德國(guó)為該館翻譯德文著作，每月付給稿酬100銀圓。這兩筆收入遠(yuǎn)不能解決蔡元培在德國(guó)的費(fèi)用和國(guó)內(nèi)妻兒的家用，但蔡元培迫切的心情使他也顧不了許多。
很快，蔡元培拋家別子，于6月隨孫寶琦一行前往德國(guó)，開(kāi)始了他的首次歐洲之行。
據(jù)統(tǒng)計(jì)，清末留德的中國(guó)學(xué)生前后總計(jì)有114人，其中官費(fèi)生87名，自費(fèi)生27名，年齡多數(shù)不到25歲。在早期眾多的留學(xué)生中并不乏自費(fèi)生，但是，蔡元培可謂是不依賴國(guó)內(nèi)支持、“半工半讀”的第一個(gè)留學(xué)生。而且當(dāng)時(shí)的蔡元培已是年近四旬，年紀(jì)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)其他留學(xué)生。
蔡元培在德國(guó)第一年居住在柏林，由于經(jīng)濟(jì)拮據(jù)，生活非常艱苦，他曾以“半傭半丐之生涯”來(lái)形容自己的這段德國(guó)求學(xué)生活。
為解決在德國(guó)生活和求學(xué)的費(fèi)用，蔡元培在孫寶琦的介紹下，為時(shí)在柏林留學(xué)的唐紹儀之侄等四人做國(guó)學(xué)家庭教師，月薪100馬克(合55銀圓)。
在為他人補(bǔ)習(xí)國(guó)學(xué)獲得一定生活費(fèi)用的同時(shí)，蔡元培還要請(qǐng)老師為自己補(bǔ)習(xí)德語(yǔ)。蔡元培雖在青島時(shí)學(xué)過(guò)德語(yǔ)，但遠(yuǎn)沒(méi)過(guò)關(guān)。德語(yǔ)那生疏的文法、拗口的發(fā)音對(duì)年近四十的蔡元培來(lái)說(shuō)，學(xué)習(xí)起來(lái)艱難程度可以想見(jiàn)。
蔡元培初到德國(guó)時(shí)住在柏林，主要補(bǔ)習(xí)德語(yǔ)，為考柏林大學(xué)作準(zhǔn)備。
1908年暑假，蔡元培便申請(qǐng)就讀德國(guó)最有名的柏林大學(xué)，但因不能提供中學(xué)畢業(yè)證書而無(wú)法注冊(cè)入學(xué)，他只好離開(kāi)柏林前往萊比錫大學(xué)。沒(méi)有進(jìn)入德國(guó)最有名的柏林大學(xué)當(dāng)然遺憾，但萊比錫大學(xué)也屬當(dāng)時(shí)的尖子大學(xué)，建于1409年，是德國(guó)最古老的大學(xué)之一，擁有哲學(xué)家和實(shí)驗(yàn)心理學(xué)創(chuàng)始人馮特和歷史學(xué)家蘭普來(lái)西等一批一流的學(xué)者。當(dāng)蔡元培來(lái)到萊比錫大學(xué)時(shí)，正是大學(xué)500年校慶的前夕，也是萊比錫大學(xué)最為輝煌的時(shí)期，學(xué)生人數(shù)達(dá)到12000人之眾。
關(guān)于這段經(jīng)歷，蔡元培曾自述：“我在柏林一年，每日若干時(shí)學(xué)習(xí)德語(yǔ)，若干時(shí)教國(guó)學(xué)，若干時(shí)為商務(wù)編書，若干時(shí)應(yīng)酬同學(xué)，實(shí)苦應(yīng)接不暇。德語(yǔ)進(jìn)步甚緩，若長(zhǎng)此因循，一無(wú)所得而歸國(guó)，豈不可惜！適同學(xué)齊君宗頤持使館介紹函向柏林大學(xué)報(bào)名，該大學(xué)非送驗(yàn)中學(xué)畢業(yè)證不可，遂改往來(lái)比錫（Leipzig）進(jìn)大學(xué)?！?