最后的江東死忠程普也戰(zhàn)死沙場(chǎng)，蒯越將軍沒有為難他們。將戰(zhàn)死的將士們都好生安葬，死者為大。荊州四萬(wàn)水軍傷亡不多，只是李術(shù)將軍的一萬(wàn)廬江軍傷亡殆盡。沒有辦法，蒯越一部沒有步軍只能以李術(shù)將軍所領(lǐng)步軍為主力。
劉琦聞之李術(shù)將軍戰(zhàn)死，亦是傷感不已，下令讓人好生安葬，并且重賞其家人，使其衣食無(wú)憂。程普戰(zhàn)死，江東最后一股反對(duì)劉琦的勢(shì)力也消滅了。隨著孫權(quán)的卸任，劉琦正式統(tǒng)領(lǐng)江東。
江東新占，人心未附。劉琦這時(shí)還不能走，留著繼續(xù)處理政務(wù)。處理當(dāng)?shù)厥挛铮€是當(dāng)?shù)厝顺雒孀詈?，為了避免孫氏的影響和北面抗擊曹cāo，劉琦詢問(wèn)諸葛亮之后，把揚(yáng)州治所遷至建業(yè)城。
劉琦自領(lǐng)揚(yáng)州牧，在建業(yè)另開一府。同時(shí)在其征南大將軍府上，實(shí)施三省六部制。至于在揚(yáng)州這里實(shí)行，因?yàn)閾P(yáng)州新占。士人都不敢反對(duì)，生怕被劉琦當(dāng)做孫氏死忠處理。荊州士族根基縱橫，怕是不易實(shí)施。
這樣在江東有了良好的條件，劉琦稍稍把漢朝的制度一修改就變成了三省六部制。在這里沒有父親劉表的掣肘，也沒有了士族大家的反對(duì)，和一些愚忠官員的喋喋不休的勸諫。
揚(yáng)州六郡都已落到劉琦手中，是時(shí)候該分蛋糕了。一方面劉琦任用孫氏舊臣，同時(shí)提拔江東當(dāng)?shù)厥咳?，再加上劉琦帶?lái)的荊州一部分官員構(gòu)成了江東的體系。
李嚴(yán)領(lǐng)廬江太守，官至橫江將軍，同時(shí)領(lǐng)兵一萬(wàn)，同副將呂岱、朱桓，北抗曹cāo；徐庶領(lǐng)丹陽(yáng)太守駐扎建業(yè)虎視徐州，領(lǐng)兵一萬(wàn)，副將徐盛，黃敘；朱治為豫章太守，呂范為會(huì)稽太守，嚴(yán)峻為廬陵太守，顧雍為吳郡太守。同時(shí)任賀齊為討越將軍，留贊為校尉，領(lǐng)兵一萬(wàn)征討山越宗賊。擇其jīng壯充軍，女子小孩，為屯田民。文聘為虎威將軍，領(lǐng)一萬(wàn)水軍防守長(zhǎng)江下游；甘寧為虎翼將軍，防守長(zhǎng)江上游，領(lǐng)水軍一萬(wàn)。
有李嚴(yán)徐庶把守?fù)P州關(guān)隘城池，即使曹cāo來(lái)犯也不懼他。況且長(zhǎng)江天險(xiǎn)，和兩萬(wàn)荊州水軍jīng銳，縱使曹cāo二十大軍也不能踏入江東一步。
管理好江東政務(wù)軍事，劉琦就開始了三省六部制度的改革。三省六部制是中國(guó)古代封建社會(huì)一套組織嚴(yán)密的zhōngyāng官制?，F(xiàn)在許都只有尚書臺(tái)，中書省和門下省只是初具規(guī)模并沒有形成。
現(xiàn)在劉琦只能以征南大將軍府的名義開府，下轄三省，三省督六部。六部管理各州、各郡、各縣。
劉琦自領(lǐng)征南大將軍，都督荊、揚(yáng)、交、廣四州軍事政務(wù)。父親劉表被劉琦上書封為楚公，只等曹cāo的回復(fù)。尚書省尚書令蒯良中書省中書令劉先，門下省侍中蒯越。六部分別為吏部尚書蔣琬、侍郎伊籍；兵部尚書賈詡、侍郎陸遜；戶部尚書趙累、禮部尚書嚴(yán)峻、刑部尚書張昭工部尚書張纮。
劉琦廢除州牧制，改為刺史制度。于此同時(shí)加強(qiáng)了刺史的職權(quán)有行政、司法等權(quán)力，廢除了其軍事、立法權(quán)，可以任命包括太守之下的官員。
同時(shí)任命龐統(tǒng)為荊州刺史，持節(jié)都督節(jié)制荊州兵馬；諸葛亮為揚(yáng)州刺史，持節(jié)都督，節(jié)制揚(yáng)州兵馬；賴恭為交州刺史，韓嵩為廣州刺史。諸葛瑾為蕩寇將軍，都督交州廣州兩州兵馬。
三省各有明確分工，中書省起草昭書，門下省封駁審議，尚書省負(fù)責(zé)執(zhí)行。對(duì)于三省制，；中書省和門下省成立的目的，在于分割和限制尚書省的權(quán)力。主要掌管zhōngyāng政令和政策的制定、審核與貫徹執(zhí)行。
中書省的長(zhǎng)官為中書令，副長(zhǎng)官為中書侍郎，主要職官有中書舍人。中書省主要負(fù)責(zé)秉承皇帝旨意起草詔敕；起草之責(zé)主要由中書舍人負(fù)擔(dān)。主要官員有劉先，楊儀等；
門下省的長(zhǎng)官為侍中，副長(zhǎng)官為門下侍郎，主要職官有給事郎主要官員為蒯越，廖立。門下省主要負(fù)責(zé)糾核朝臣奏章，復(fù)審中書詔敕，如認(rèn)為不當(dāng)，司以封還和加以駁正，稱“封駁”。駁正之權(quán)主要由給事中掌握。
中書、門下二省都設(shè)在劉琦征南大將軍府內(nèi)，所以又有諫諍之責(zé)，設(shè)左右諫議大夫、左右補(bǔ)闕、左右拾遺，分屬二?。ㄗ髮匍T下、右屬中書），以匡正大將軍的過(guò)失。
尚書省設(shè)在府外，長(zhǎng)官為尚書令，副長(zhǎng)官左、右仆shè。仆shè之下有左右丞、左右司郎中、員外郎、負(fù)責(zé)都省職事，總領(lǐng)六部。主要有蒯良，魯肅等。
六部各部長(zhǎng)官稱尚書，副為侍郎.各司之長(zhǎng)為郎中，副為員外郎，分別負(fù)責(zé)貫徹各種政令。他們對(duì)zhōngyāng擔(dān)任具體事務(wù)的九寺三監(jiān)（或五監(jiān)）及地方上的州、郡、縣官有領(lǐng)導(dǎo)、監(jiān)督之權(quán)。
“中書取旨，門下封駁，尚書奉而行之”，是三省分工原則，從而彼此制約，以掌管國(guó)家大政。三省長(zhǎng)官為宰相，臺(tái)議軍國(guó)大事于政事堂。用來(lái)加強(qiáng)zhōngyāng集權(quán)的調(diào)整和補(bǔ)充。
理論上，劉琦是實(shí)習(xí)的軍政分離的政策。但是戰(zhàn)亂年代，又是一個(gè)人同時(shí)處理一個(gè)地方更有效率。所以劉琦賦予一個(gè)人兩個(gè)職位，來(lái)處理這個(gè)局面。但是不會(huì)設(shè)立一個(gè)職位同時(shí)能掌握所有權(quán)力，避免以后的地方割據(jù)勢(shì)力橫行。
勉強(qiáng)設(shè)立了三省六部的模型，劉琦就急忙離開了。快過(guò)年了，劉琦快馬加鞭，急忙回到荊州，原因只有一個(gè)他的妻子蔡玉懷孕了。其實(shí)臨戰(zhàn)之前劉琦就刻意的想要孩子了，前兩是因?yàn)椴逃襁€小，怕生出個(gè)弱智了。現(xiàn)在劉琦也老大不小了也該有個(gè)孩子了。也讓忠于劉琦的臣子有個(gè)盼頭。
讓諸葛亮自己相機(jī)行事，劉琦帶著步練師同陸遜，劉磐等數(shù)百護(hù)衛(wèi)先行一步了。蒯越自領(lǐng)大軍五萬(wàn)隨其后。江東百?gòu)U待興，人口銳減。實(shí)在拿不出兵馬防守，劉琦只好留下四萬(wàn)荊州兵馬，用來(lái)抵御曹cāo。江東雖被攻下，可現(xiàn)在對(duì)于劉琦來(lái)說(shuō)，只是個(gè)累贅，起碼十年之內(nèi)是這樣的。