經(jīng)過(guò)幾天的趕路，小智他們?cè)谝粋€(gè)明媚的上午來(lái)到港口，卻錯(cuò)過(guò)了前往大陸本土的通訊船，其實(shí)是小智故意耗了些時(shí)間在和小剛他們一起買必需品。
閑的實(shí)在沒(méi)事，小霞拿出三根魚竿遞給小智和小剛，坐在碼頭上釣魚，小智主要是為了彌補(bǔ)自己在巨大神奇寶貝島嶼上啥都沒(méi)有釣到的心理寄托。
“太棒了，我終于釣到了~”，一會(huì)功夫，就有東西咬傷上了小智的魚鉤，小智用力的收桿。
“墨海馬？”，小智釣起了一只似乎受了傷的墨海馬，小智本以為他會(huì)自己出現(xiàn)，結(jié)果是被自己釣了上來(lái)。
“是墨海馬耶，好可愛(ài)哦”，小霞看到了小智釣起了可愛(ài)的墨海馬，少女心萌發(fā)。
“可是，他好像受傷了”，小剛擔(dān)心的說(shuō)道。
之后墨海馬噴出墨汁在水面上繪出了瑪瑙水母和毒刺水母的樣子，向小智他們傳遞了信息。
“現(xiàn)在應(yīng)該是治療他的傷口為優(yōu)先，可是這里沒(méi)有神奇寶貝中心啊，好~”，小霞看到墨海馬是受了傷的，就想丟出寶貝球收服墨海馬進(jìn)行治療。
‘轟’，就在這時(shí)，海面上的一艘輪船受到了攻擊，發(fā)生了爆炸，船上的人都跳到了海里。
“大事不好了，那艘船！”，小剛看到后驚慌的說(shuō)道。
“沒(méi)辦法，先救人，出來(lái)吧，杰尼龜，暴鯉龍”，小智看到那些說(shuō)中人快溺水了，就立刻派出杰尼龜跟暴鯉龍過(guò)去救人。
“你們也去吧”，之后小霞也派出了自己的海星星，寶石海星跟角金魚。
“喂，你們快上來(lái)”，小智坐在暴鯉龍的背上對(duì)剛溺水的船員喊道。
“好！”，一些船員爬上了小智的暴鯉龍的背上。
所有的船員被送到岸上后，小智一行人根據(jù)船員吞吞吐吐的話語(yǔ)去到社長(zhǎng)金婆婆表妹那邊去了，到那后，聽(tīng)了一大堆廢話后···“一些煩人的瑪瑙水母卻老是愛(ài)跑來(lái)妨礙我的工程，世界上為什么會(huì)存在如此令人討厭的東西呢”
“你說(shuō)令人討厭”，對(duì)于喜愛(ài)水系神奇寶貝的小霞聽(tīng)了金表妹的話有些氣憤的說(shuō)道。
“惡心透頂了，也不能夠拿來(lái)吃，他就只能妨礙我賺錢，這樣吧，你們來(lái)幫我趕跑這些水母怎么樣，成功的話，一年之內(nèi)全世界最豪華的晚餐隨便你們吃到高興，還有獎(jiǎng)金100萬(wàn)元”，婆婆繼續(xù)的說(shuō)道。
“不好意思，我們拒絕，雖然獎(jiǎng)勵(lì)很誘人，但我不會(huì)為了錢而去傷害神奇寶貝”，小智率先說(shuō)出口，“而且我覺(jué)得瑪瑙水母襲擊人肯定是有原因的”，小智后來(lái)又替小霞說(shuō)明了理由，隨后三人別離開(kāi)了金表妹的大樓。
“這時(shí)代竟然還有不要錢的小鬼”，金表妹在自己的辦公室嘲諷道。
“那個(gè)，小智謝謝你替我解圍”，路上小智的做法讓小霞很感動(dòng)的說(shuō)道。
“沒(méi)什么啦，畢竟我們是伙伴嘛，你說(shuō)對(duì)吧，皮卡丘”，“皮卡~皮~”，小智和皮卡丘回應(yīng)小霞說(shuō)道。
“我也覺(jué)得小智說(shuō)的沒(méi)錯(cuò)，神奇寶貝只要不受到威脅之類的是不會(huì)輕易去攻擊人類的”，小剛再贊同小智的意見(jiàn)。
“對(duì)了，小霞，墨海馬怎么樣了”，小剛接著詢問(wèn)小霞說(shuō)道。
“已經(jīng)沒(méi)事了，你看”，隨后小霞拿出墨海馬的寶貝球給小剛看。
“小霞你什么時(shí)候收服的”，小智只記得小霞實(shí)在最后一個(gè)片段收服墨海馬的。
“怎么啦，本小姐收服神奇寶貝還要跟你說(shuō)嗎”，小霞對(duì)小智吐舌頭地說(shuō)道。
小智······小剛······
就在這時(shí)，廣播中說(shuō)只要有訓(xùn)練家能夠趕走瑪瑙水母，就可以得到豐厚的獎(jiǎng)賞。之后這個(gè)工作被火箭隊(duì)得到了，瑪瑙水母?jìng)冏詈笫艿酱碳?duì)火箭隊(duì)發(fā)動(dòng)了攻擊。
結(jié)果船上的那瓶國(guó)產(chǎn)三杯醋倒在瑪瑙水母?jìng)兩砩希旇冈俅问艿綇?qiáng)烈的刺激集體合體進(jìn)化成了巨大的毒刺水母，抓住了火箭隊(duì)三人組，摧毀了金表妹的海上飯店。
“啊，快逃啊”，大家看著海嘯都四處的逃散了，而小智也拉著小霞到了一棟樓的頂層，看著這么大的毒刺水母，小智只能把希望寄托在小霞身上了，毒刺水母隨后又使用海水淹沒(méi)的城市，所有人最后都躲在了高樓上。
毒刺水母開(kāi)始不斷地破壞著城市，其他瑪瑙水母也順著海水進(jìn)入到了城市，之后其中一只瑪瑙水母控制了喵喵對(duì)人類說(shuō)出自己破壞城市的原因。
“原來(lái)，之前墨海馬想告訴我們的是這件事情，立志要成為水系訓(xùn)練家的我，真是太失敗了”，小霞他們明白的事情的因果后，開(kāi)始深深的自責(zé)，隨后，小霞跑了出去。
“小霞！等等”，小智雖然知道小霞會(huì)阻止毒刺水母，但還是不放心就跟了上去，畢竟自己可能造成一系列不可估計(jì)的蝴蝶效應(yīng)。
毒刺水母看到小霞正跑在接近自己的天橋上，以為她會(huì)有什么威脅到自己的手段，便抓起附近的天線朝著小霞砸去。
正當(dāng)小霞看到天線正向自己襲來(lái)的時(shí)候，以為完蛋了的時(shí)候，“皮卡丘，伏特攻擊”，皮卡丘使用伏特攻擊快速的撞開(kāi)了砸向小霞的天線，小霞回頭一看，看見(jiàn)是小智在幫助自己，還有小剛也趕了上來(lái)，眼旁流露出了眼淚，但還是止住不愿被看出來(lái)。
“小霞，這里有我，你一定要阻止毒刺水母危害大家”，小智隨后對(duì)小霞喊道。
“小智，你放心，作為水系神奇寶貝訓(xùn)練家的我，不會(huì)讓你失望的”，小霞回應(yīng)小智道。
“嗯，小剛你也比較懂神奇寶貝，所以你跟著小霞一起去吧”，小智對(duì)身后的小剛喊道。
“小智...我知道了，那你也要小心”，小剛回答完小智后也跟著小霞一起去了。
“嗯，毒刺水母，你有事沖我來(lái)，別欺負(fù)一個(gè)女孩子”，小智朝著毒刺水母喊道，一邊心想：可惡，劇情還是因?yàn)樽约焊淖兞藛?，只能上了?br/>
“可惡的小鬼，你們?nèi)祟愡€想來(lái)傷害我們嗎”，**縱著的喵喵接著說(shuō)道，隨后對(duì)小智發(fā)射了溶解液。
小智和皮卡丘都迅速的躲開(kāi)了，并不是只有神奇寶貝在訓(xùn)練而已，自己也不能落后，小智看向被毒刺水母攻擊過(guò)的地方，看到了已經(jīng)被溶解液腐蝕的下一層，心想：身上帶的神奇寶貝都發(fā)揮不了太大的作用，這場(chǎng)戰(zhàn)難打了。
“皮卡丘，先使用十萬(wàn)伏特看看”，當(dāng)毒刺水母想再次攻擊小霞他們的時(shí)候，小智讓皮卡丘使出十萬(wàn)伏特想看看有沒(méi)有效果，皮卡丘使出十萬(wàn)伏特后只在毒刺水母的身上留下了一道痕跡，毒刺水母被激怒后把準(zhǔn)備使用溶解液的口對(duì)向小智。
小智和皮卡丘再次躲閃，只不過(guò)這次小智和皮卡丘因?yàn)榫嚯x是朝不同方向躲閃，毒刺水母見(jiàn)狀有發(fā)射出溶解液攻向皮卡丘，小智連忙轉(zhuǎn)變方向撲向來(lái)不及躲閃的皮卡丘身邊擋下了溶解液。
“皮~卡~...皮~”，皮卡丘緩慢的睜開(kāi)了眼睛，看到小智為自己擋下了攻擊，眼淚從眼眶中流了下來(lái)，滴在了地上。
“皮卡丘...你沒(méi)事真是太好了”，小智看向皮卡丘說(shuō)道，只不過(guò)因?yàn)楸成鲜盏搅巳芙庖旱墓舢a(chǎn)生了劇痛，小智難以忍受。
這個(gè)時(shí)候，小霞回頭看了一眼小智，只看見(jiàn)小智抱著皮卡丘跪在地上喘氣，小霞再也忍不住了，放出了自己最大的嗓門朝著毒刺水母嘶喊著“住手啊，毒刺水母，求求你，快點(diǎn)帶大家回海里去吧”，就在毒刺水母要繼續(xù)攻擊小智的時(shí)候，從高樓上傳來(lái)了小霞的聲音，“毒刺水母，請(qǐng)你回去吧，你們的意思人類已經(jīng)都知道了，我們?cè)僖膊粫?huì)破壞你們住的地方了，毒刺水母，求求你們，求求你們快回去”，小霞一邊流淚一邊說(shuō)著?！?br/>
“好吧，這一次就原諒你們，主要是看在你的誠(chéng)意和那邊那個(gè)人的行動(dòng)，下一次就不會(huì)這么簡(jiǎn)單了”,毒刺水母回頭看了看人們，最終說(shuō)道。
正要毒刺水母帶著瑪瑙水母群離開(kāi)的時(shí)候，金表妹還是攻擊著毒刺水母，被毒刺水母的出售給打飛了。
“太好了，事情終于..平...息....了”,小智看到毒刺水母離開(kāi)后，最終還是忍受不了劇痛，倒了下去，只依稀聽(tīng)見(jiàn)皮卡丘，小剛和小霞的叫喊。
······
“這里是哪，我怎么還這”,等小智醒來(lái)，小智周圍一片漆黑，完全摸不著任何東西。
“皮卡丘，小剛，小霞，你們?cè)谀摹?小智接著喊道，小智向前走了一步，周圍開(kāi)始明亮起來(lái)，小智看見(jiàn)前方出現(xiàn)了身穿白色服飾的老人，小智向前去正想詢問(wèn)的時(shí)候，那個(gè)老人開(kāi)口了。
“你好，初次見(jiàn)面，你不用，你的事情我都知道”，老人對(duì)小智說(shuō)道。
“等等，你的聲音我聽(tīng)到過(guò)，你是給我送快遞的那個(gè)”,小智聽(tīng)到老人說(shuō)話的時(shí)候想起來(lái)了。
“你說(shuō)的沒(méi)錯(cuò)，其實(shí)我是個(gè)系統(tǒng)，本來(lái)打算在你完成各項(xiàng)任務(wù)的時(shí)候在與你見(jiàn)面的，只不過(guò)你因?yàn)樯艿酵{強(qiáng)制性的破解了”，系統(tǒng)隨之說(shuō)道。
“這個(gè)，我有點(diǎn)懵”，小智隨后腦門上三個(gè)。
“那我這么說(shuō)，你是因?yàn)榭鞉炝?，我?qiáng)制叫你到這來(lái)可以救你一命，然后我還要賜予你一樣?xùn)|西，懂了嗎”，系統(tǒng)隨后更加通俗的說(shuō)道。
“懂了，等等，你要送我什么東西，是不是有條件”，小智隨后問(wèn)道。
“聰明，因?yàn)槲覀兿到y(tǒng)是隨機(jī)抽取人類送到隨機(jī)世界，所送的物品也是一樣，這個(gè)給你”，系統(tǒng)向小智解釋了一下，并給了小智一枚沒(méi)看到過(guò)的勛章。
“記得，這個(gè)你要帶在身上，意識(shí)淺薄時(shí)才能用，只有完成規(guī)定的任務(wù)，這枚勛章就會(huì)和你融合，你也可以隨時(shí)用，還有一件事，你快醒了”，系統(tǒng)說(shuō)完，打了個(gè)響指，小智腳底一空掉了下去。
······
“啊~。。?！?，小智驚醒了過(guò)來(lái)，小智看向周圍，看到了皮卡丘，小霞和小剛正趴在桌子上照顧自己睡著了。
小智感覺(jué)手上有東西，拿起手看了看，正是夢(mèng)中那枚徽章，小智突然感覺(jué)到事情不簡(jiǎn)單，小智出于好奇，想要試一試，小智覺(jué)得夢(mèng)中是意識(shí)淺薄的時(shí)候，所以就躺在病床上睡去了。
夢(mèng)中，小智夢(mèng)到了難以想象的畫面，夢(mèng)中小智看到的是游戲口袋妖怪中的背包欄，里面擁有全部的東西，而且都是*999個(gè)，還有神奇寶貝也一樣，小智覺(jué)得很不可思議，就想試一下能不能用，小智點(diǎn)了下精靈欄，發(fā)現(xiàn)打不開(kāi)，顯示了一行文字，權(quán)限不夠，小智想看來(lái)還是得做任務(wù)啊，可你任務(wù)又不告訴我是什么。
小智又試著點(diǎn)其他東西，發(fā)現(xiàn)暫時(shí)只有精靈球那一欄才能拿，其他都是權(quán)限不夠，小智試著取出一個(gè)大師球看看。
第二天，小智等人都醒了過(guò)來(lái)，皮卡丘他們看到小智醒來(lái)了，都非常的高興，小智詢問(wèn)了昨天小霞的事，小霞急的臉紅的很快走出了神奇寶貝中心，小智則感覺(jué)除了被有點(diǎn)沉其他都沒(méi)事，看了看背包，發(fā)現(xiàn)里面多了顆大師球，沒(méi)想到這個(gè)竟然是真的，小智喜悅的合不攏嘴，小剛則是一臉詫異的看著小智。
小智把徽章做成了項(xiàng)鏈戴在身上，顯得還是不錯(cuò)的，小霞，小剛和皮卡丘搭著早上的通訊傳朝著下一個(gè)目的地出發(fā)了。